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技术优势 / Technology advantage


(1)cfDNA的提取及建库

对于石蜡包埋(FFPE)样本,采用优化后的方法基因组的提取,Nanodrop 定量结果显示,FFPE样本基因组DNA浓度高、纯度好。能够用于下游建库分析。


对于血浆样本,采用QIAGEN血浆游离DNA提取试剂盒进行cfDNA提取,从10 mL全血中能够提取出10-40 ngcfDNA

通过对文库起始量、接头连接比例、连接时间等关键步骤的优化,构建了完善的建库体系,起始量低,针对cfDNA样本,可达到10pg起始投入量;文库片段分布较为均匀,接头;连接效率达到35%以上,减少扩增循环数,最大程度的确保了文库的多样性及完整性。扩增后文库安捷伦2100检测结果如下:

(2)检测区域捕获技术

应用DNA杂交探针进行靶向捕获,使探针与ctDNA靶向区域的结合更加稳定。并且采取了双轮捕获策略,能够显著提高测序的上靶率达到90%以上。(如下图所示)。

另外优化封闭用的blocker,包括序列和封闭条件,能够显著降低杂交捕获的非特异性。

(3)纠错技术

为保证测序结果的准确性,采用目前国际上精确度最高的双端分子标签纠错技术,分别从两个方向同时测序进行双端纠错,首先在每个方向上认为大于95%的家族成员都含有的相同突变为确认的突变,进而只有当两个方向都测出的相同突变,才被确认为真实的突变,仅一个方向测出的突变则被排除。这种纠错技术可将测序背景误差降低至0.0001%,有效排除假阳性结果,充分保证测序结果的准确性。

如上图所示,A为纠错分子接头的连接,B则为实现测序纠错的过程。




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